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上驷院的设置及其内部机构职官的职掌：
清代上驷院渊源于明代二十四衙门中的御马监。清定都北京后，其中枢机构仍未改崇德年间建立起的旧制，一些具体的办事机构，则以明朝旧设相延。这时管理宫廷事务的机构是内务府，这是在满洲旧有的包衣制度基础上所建立的。清初的内务府虽包揽了宜廷中的一切事务，但组织机构仍不完备，宫廷中的许多事务，仍需要借助中央国家机构来处理。例如御马的使用，则“俱由兵部领用”。
顺治十年六月，清世祖以内务府事务繁多、须分设机构办理为由，下令创立十三衙门。这十三个衙门，即是从明代二十四衙门演化而来的。十三衙门中的御马监，便是上驷院的前身。
顺治十八年正月，福临崩逝，以遗诏自罪，倡立十三衙门列为罪己之一。故康熙继位后，遂下令撤十三衙门，恢复内务府。十三衙门的名义虽撤．但顺治皇帝对管理宫廷事务机构改革，却做出了努力，十三衙门各组织，仍以不同名义继续存在着。这时，原御马监，改为阿敦衙门。
康熙十六年，又将阿敦衙门改名为上驷院，隶内务府。初，衙署设在东华门内三座门之西，后改建在左翼门外，成为内务府内部“七司三院”中的重要机构之一。
宣统三年，辛亥革命爆发，清帝逊位，根据《优待皇室条件》，内务府仍继续保留，一直延续到民国十三年(1924)直奉战争期间，清逊帝溥仪被驱逐出宜，为宫廷服务的内务府及其下属机构上驷院，随之结束了它的历史使命。
上驷院虽然只是个管理马骡的机构，而衙署却设于东华门内太和殿左翼门外，临近箭亭、御茶膳房、南三所等处所。这些地方都是皇帝及其子弟经常出入的要地。
进左翼门是太和门，向前即是景运门，已进内廷。出三座门又是东华门，东华门是紫禁城的东大门，是臣工
每天早朝骑马进宫的大门。从上驷院衙署所处的地理位置上看，既便于皇帝用马，也为大臣们朝觐及上驷院员役进官提供了方便。
内务府及其所属七司三院，除上驷院外，其他衙署大都设在紫禁城外，由此也可见，清统治者将上驷院置于重要位置。
再者，上驷院官员品秩高、地位崇，例定为正三品衙门，官阶与通政使司、大理寺、太常寺等衙门同。虽由总管内务府大臣兼管，但可自行奏事。所属牧场总管，亦均由各旗驻防将军、都统、副都统兼任。上驷院官员的俸禄、养廉、公费、盘费等待遇及住房等都与一般中央机关相同，按规定由户工部办理。也可显示出统治者对它的重视。
上驷院之所以受到如此崇厚的待遇，在于他的职掌性质的重要性：
1.符合统治者阶级所需要
众所周知，清朝是以满洲贵族为主体的封建王朝。满族是擅长骑射的民族，他们视骑射为“满洲本业”，清统治者以恃强悍的八旗骑兵统一东北，继而入主中原。而清王朝的建立，即是以八旗兵制为统治中坚的；八旗中的骁骑是它打仗和镇守的主要军事力量。所以马匹与他们戚戚相关，甚而成为他们的生命线。大宗皇帝在告诫八旗子弟时曾说过“若废骑射，宽衣大袖，待他人割肉而后食”是忘本亡国的根由。
2.马匹是主要的交通工具
清王朝统治时期，其主要的交通工具是骡马、驼，不仅八旗兵要靠马匹驰骋战场，“皇上出警入跸，内庭备用什物，……装载冠袍带履”，无不需要马匹完成骑乘和运载任务。因此，清朝统治者深刻认识到马匹的重要作用，并极重视对马匹的圈养和管理。由此，我们不难看出，上驷院的设立，是清朝统治者自身需求的必然产物。
3.代表一定政治理念
众所周知，清代是我国君主专制政治发展到极峰的时期，皇帝的行止往往带有一定的政治倾向，甚至可以反映出国家的某种政策的实施。而上驷院的职能，则与皇帝的举止紧密相关。所以在它的服务中，表露出一定的政治色彩，也可以从一个侧面，反映着统治者的行踪：
【例一】尊孔读经是清朝统治者大力倡导的。因为他们需要“君臣节义”一类的封建礼教，以维护自己的统治。乾隆为了表现他对孔子的尊崇，曾多次到曲阜“谒圣”。每次东巡，上驷院都要为他准备马匹及所需什物，并派出官员跟役数百人跟随。
【例二】康熙在热河设立围场，经常带领蒙古王公行猎。以维系与蒙古上层间的关系及处理边务，已成定制，称之“木兰秋猕”。每年率领大批军队，并指令蒙古王公和各少数民族陪周行猎。在这项重大的政治活动中，上驷院每年均派员役随从皇帝前往。木栏行围除训练八旗兵骑射武艺外，在联络少数民族关系方面起了重要作用。乾隆曾赞扬木栏围场的作用时得意地说“我朝家法，中外一体，世为臣仆，皇祖辟此避暑山庄，每岁巡幸，俾蒙古未出痘生身者，皆得觐见宴赏、赐赉，恩亦深而情亦联，实良法美意，超越千古云”。
【例三】祭祀是封建帝王的重要活动。清朝统治者每年都要到祖上陵寝及天坛、地坛、先农坛等处举行盛大的祭祖、祭天地、祈谷等活动。每次祭祀都有众多的王公大臣随往陪祭。上驷院作为供马机关，亦要在祭祀之先备好所需交通、仪仗专用马匹等。
4.皇室祭祀和出行等用途
据乾隆四十二年上驷院《交班档》记载：正月十四日，掌仪司咨文上驷院，皇上祭祈谷坛用仪仗马。正月二十九日，皇上祭神用敬神马。这一年正月二十三日，乾隆皇帝母后薨逝，二十五日行常祭礼，二十七日行奉移礼致祭。二十九日敬移皇太后梓富于九经三事殿安奉。二月二十九日行大祭祀。掌仪司均移咨上驷沉预备马匹及仪仗。
又如移送帝后梓官，是封建帝国的一项重大礼仪活动。咸丰十一年七月，奕泞死在热河避暑山庄。正值第二次鸦片战争刚刚结束，其陵墓尚未修成。因此，咸丰皇帝的梓官移送仪式，直到光绪元年九月十八日才告完成。据上驷院《梓官人名册》统计，这次上驷院派出员外郎以下大小员役达400余人。由此可以推断出此次仪式规模之浩大。
此外，皇帝升殿，往阅武楼阅兵，内庭后妃往驻畅春园、圆明园等处，太监随驾进宫，公主、阿哥婚娶赏马等所需马匹，俱由上驷院备用。凡此种种，上驷院档案中有许多详细记载。
上驷院所管理的马匹，还大量用作赏赐满汉王公大臣及外国来朝使臣等。
例如，据记载乾隆四十二年正月，札部移咨上驷院，赏给朝鲜国进贡王等马匹。嘉庆十六年九月，曾令将伊犁将军所贡马匹，赏给仪亲王等。二十年又令将贡马赏禧恩、苏尔慎等。
5.用于补充军队马匹的不足
嘉庆年间爆发了川陕楚白莲教大起义，为镇压这次规模巨大的农民起义，清廷调用大批上驷院所属各牧场的马匹，致使牧场马匹几乎用光。嘉庆七年喀尔喀蒙古各部王公会议，“清官兵剿捕白莲教逆贼大事告成，需增补马匹，各旗分别进呈一千匹马，以备上用”。此次喀尔喀蒙古各旗共进呈八千匹马。尽管如此，上驷院马匹仍不敷使用。
据载：嘉庆二十一年二月，皇上恭谒陵寝，上驷院因骡马不敷使用，需调用兵部马匹及呈请雇觅。可觅清廷调用上驷院马匹军用的数量是很可观的。清廷调用上驷院马匹的情况，在档案中还有很多记载，如咸丰六年，上驷院派员解往河南军营马匹。同治十年正月，上驷院曾拨大凌河牧场马匹解送神机营等等，比比皆是。
综上所述，上驷院以备宫廷用马之职，紧密地与皇帝的行止相关联。其职掌所及已渗入到一些重要的政务活动中。其马匹的提供军需，以及在联络蒙古王公间的感情、促进与边疆各民族间的交往等方面的作用，进而充分表现出上驷院在清政府的政务活动中，其自身的存在价值所在。